Towarzystwo utrzymuje kontakty z Ministerstwem Zdrowia, zwłaszcza z Departamentem Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a także z organami resortu odpowiedzialnymi za sprawy dotyczące farmacji i leków. Szczególnie ścisłe kontakty utrzymywane są z Urzędem Rejestracji Produktów Leczniczych, Wyrobów Medycznych i Produktów Biobójczych, jak i z Głównym Inspektoratem Farmaceutycznym.

Towarzystwo współpracuje także z jednostkami samorządu aptekarskiego, w tym, z Naczelną Radą Aptekarską, w której obowiązki prezesa pełni mgr Andrzej Wróbel. Także duża część oddziałów PTFarm układała swe stosunki z okręgowymi izbami aptekarskimi ze swego terenu na zasadach współpracy i partnerstwa.

Polskie Towarzystwo Farmaceutyczne współpracuje również z Ministerstwem Nauki i Szkolnictwa Wyższego (członkiem Rady Głównej tego ministerstwa jest prof. dr hab. Bożenna Gutkowska - prezes Oddziału Warszawskiego PTFarm), Urzędem Antymonopolo­wym, CMKP i in. Przedstawiciele Towarzystwa biorą udział w pracach komisji, zespołów roboczych opracowują i opiniują tworzone dokumenty oraz wykonują ekspertyzy.